滴灌施肥时，先滴清水，等管道充满水后开始施肥。施肥结束后立刻滴清水20~30分钟，将管道中残留的肥液全部排出（可用电导率仪监测是否彻底排出）。如不洗管，可能会在滴头处生长青苔、藻类等低等植物或微生物，堵塞滴头。

大棚或温室长期用滴灌施肥，会造成地表盐分累积，影响根系生长。可采用膜下滴灌抑制盐分向表层迁移。

注意施肥的均匀性滴灌施肥原则上施肥越慢越好。特别是对在土壤中移动性差的元素（如磷），延长施肥时间，可以极大地提高难移动养分的利用率。在旱季滴灌施肥，建议施肥时间2-3小时完成。在土壤不缺水的情况下，在保证均匀度的前提下，越快越好。

避免过量灌溉一般使根层深度保持湿润即可，根层深度依不同作物差异很大，可以用铲随时挖开土壤了解根层的具体深度。过量灌溉不但浪费水，严重的是养分淋洗到根层以下，浪费肥料，作物减产。特别是尿素、硝态氮肥（如硝酸钾、硝酸铵钙、硝基磷肥及含有硝态氮的水溶性肥）极容易随水流失。

灌溉水质了解灌溉水的硬度和酸碱度，避免产生沉淀，降低肥效。特别是对于盐碱土壤地区，磷酸钙盐沉淀非常普遍，是堵塞滴头的原因之一。同时磷酸盐沉淀也是降低磷肥效果的重要原因。

与其它肥料的配合施用通常水溶肥料只做追肥。在推荐施肥时，应基肥与追肥结合，有机肥与无机肥结合，水溶肥与常规肥结合。不要强调水溶肥代替其它肥，要配合使用，降低成本，发挥各种肥料的优势。